DNA via Skype dalla foresta

di Anna Sustersic

 

Nelle foreste della Tanzania primo test del kit “da campo” per il sequenziamento del DNA nato (anche) in Trentino.

Presentato il 4 maggio al MUSE il kit di sequenziamento portatile del DNA. Ideatori del progetto sono Michele Menegon del MUSE e Massimo Delledonne professore ordinario dell’Università di Verona che con la collaborazione di Oxford Nanopore Technologies, Biodiversa (Trento) e il sostegno fondamentale della fondazione Caritro, hanno messo a punto una tecnologia destinata ad avere un forte impatto, sociale e scientifico, sul mondo della conservazione della biodiversità. A dimostrare il livello di innovazione contenuto nel kit di sequenziamento è già la “forma” della conferenza stampa.

Michele Menegon, Massimo Delledonne, Ana Rodriguez Prieto e Chiara Cantaloni, le due ricercatrici che hanno sviluppato il protocollo di laboratorio necessario all’utilizzo del kit sul campo, sorridono soddisfatti in diretta via Skype dalla Tanzania. Proprio in Africa infatti, in un campo di ricerca allestito nel cuore della foresta del monte Rungwe, hanno effettuato il primo test del kit di sequenziamento. Per la prima volta l’intero processo di sequenziamento del DNA di un organismo selvatico è stato effettuato lontano dai muri e dalle severe restrizioni di un laboratorio. Il kit infatti è stato sviluppato proprio per lavorare in condizioni di temperatura e umidità estreme. È andata così, la cattura di una piccola rana nel cuore della foresta, un piccolo prelievo di sangue – la rana è poi pokies with real money saltata via incolume – e avanti con il protocollo: estrazione del DNA, amplificazione con il termociclatore, studiato per avere le dimensioni di un tostapane, e fluorimetro integrato per assicurarsi che la reazione sia avvenuta e infine sequenziamento con uno strumento delle dimensioni di una chiavetta USB: il minion sviluppato da Oxford Nanopore technologies. Sono bastati tre zaini a trasportare tutte le componenti del kit. Già, perché ogni componente è stato sviluppato proprio per l’utilizzo in campi di ricerca che spesso richiedono, per essere raggiunti, giorni di cammino. Nessun collegamento elettrico richiesto: il termociclatore lavora a 12 V e tutto funziona con batterie alimentabili da pannelli solari, trasportabili anche quelli.

Foresta tanzaniana, foto di Michele Menegon

Portatilità quindi il primo elemento innovativo fondamentale, che svincola per la prima volta i ricercatori da limitazioni logistiche e ambientali. Ma non è finita, una volta ottenuta la sequenza, è stata spedita direttamente via Skype in diretta durante la Conferenza Stampa. Massimo Bernardi, ricercatore del MUSE che ha contribuito allo sviluppo del progetto, e Cesare Centomo che ne ha seguito lo sviluppo bioinformatico, erano pronti a riceverla e interpretarla. Rapidità quindi il secondo punto chiave dell’innovazione. Finora infatti un risultato come questo poteva richiedere addirittura un anno. Ieri è stato inviato in tempo reale, tramite device digitale. Si tratta di un importante risparmio al punto di vista economico e temporale.

Confrontando la sequenza ottenuta con l’enorme banca dati a disposizione in GENE Bank, Massimo Bernardi e Cesare Centomo, hanno identificato quindi la rana concludendocon successo il test.

Quale la portata di questa innovazione? Di certo il rapidissimo incremento di informazioni a disposizione per la ricerca. I dati ottenuti infatti, le sequenze, vanno ad arricchire proprio il database aperto GENE Bank, a cui la comunità scientifica internazionale fa riferimento. Questo a sua volta permetterà di ottimizzare e migliorare la pianificazione di future operazioni di conservazione, rendendole quindi più efficienti e focalizzate. Ma non solo, la tecnologia portatile e che avrà un costo ridotto rispetto alle costosissime apparecchiature ora esistenti promette di poter essere utilizzata anche nei paesi in via di sviluppo dove maggiori sono le possibilità e le necessità di applicazione. Si tratta infatti dei paesi a più alto livello di biodiversità del pianeta e i meno dotati, finora, dal punto di vista tecnologico. DNA Field Lab” dice Michele Menegon, del MUSE “porta nelle zone a maggiore biodiversità del pianeta la possibilità di misurare il valore biologico di un’area, dal livello di specie a quello di molecola, consentendo quindi di calibrare gli investimenti per la conservazione sulla base della storia evolutiva degli organismi. Un passo fondamentale in un momento in cui i fondi necessari alla salvaguardia della diversità della vita del nostro pianeta non sono sufficienti”. Le applicazioni ipotizzate per il futuro del kit però vanno ben oltre al mondo dell’analisi e della conservazione della biodiversità, arrivano al campo medico e a quello della sicurezza alimentare.

Un formidabile avanzamento tecnologico, che per la prima volta permette la lettura del DNA fuori da un laboratorio specializzato” dice Massimo Delledonne “anche in condizioni estreme come quelle sperimentate in questa spedizione”.